1. Masa 1947-1950

Masa 1947-1950 ditandai oleh pimpinan lama dan kelanjutan keadaan (struktur pimpinan keuangan, dan lain-lain) yang lama. Perkembangan pokok ialah:

• Mendidik jemaat-jemaat yang telah biasa hidup dalam suasana Indische Kerk tentang apa artinya gereja yang berdiri sendiri dibidang pelayanan, tanggung jawab keuangan, administrasi, dan lain-lain.
• Tata gereja yang dipakai ialah boleh dikatakan modifikasi dari praktek pada waktu itu dengan warisan dari periode-periode yang lalu.
• Dalam periode ini terjadi perpisahan finansial antara gereja dan negara.

2. Masa 1950-1975

Masa 1950-1975 ditandai oleh pimpinan yang baru dan situasi yang baru pula. Masa ini diawali oleh pengangkatan tenaga-tenaga luar negeri. Hanya Ds. Middelkoop yang tinggal di Soe, khususnya untuk pekerjaan penterjemahan Alkitab dalam bahasa Timor. Hal ini memberikan kesempatan bagi GMIT agar dengan bebas mengusahakan pola-pola dan bentuk-bentuk pelayanan sendiri. Usaha pertama ialah menyusun tata gereja baru, yang Theologis dapat lebih dipertanggungjawabkan tata gereja ini yang disyahkan pada tahun 1952 kemudian 1972 diperluas tapi isinya tetap sama. Pada waktu itu banyak pekerjaan di bidang liturgi. Juga ada studi dan percakapan tentang apa itu perjamuan, apa itu perkawinan, apa itu disiplin gereja.

Pimpinan sinode masa itu:

1950 – 1952 : ketua Pdt. J.L. Ch. Abineno; sekretaris Pdt. A.J. Toelle
1952 – 1953 : ketua Pdt. J.L. Ch. Abineno; sekretaris Pdt. B. Meroekh
1954 – 1956 : ketua Pdt. M. Bolla; sekretaris Pdt. L. Radja Haba
1956 – 1958 : ketua Pdt. J.L. Ch. Abineno; sekretaris Pdt. L. Radja Haba
1958 – 1960 : ketua Pdt. J.L. Ch. Abineno; sekretaris Pdt. A. Dethan

3. Masa 1960 – 1970

Masa 1960 – 1970 suatu periode dimana dicoba cara ini dan itu mengatasi kesulitan, khususnya kekurangan keuangan, tetapi ciri utama nampaknya kelemahan dalam perkembangan GMIT. Masa ini dapat dibagi dalam dua sub periode.

• 1960 – 1965 keadaan masyarakat, politik ekonomi yang semakin ambruk, berakhir dalam Nasakom yang pengaruhnya agak besar di beberapa daerah GMIT dan G30S PKI.
• 1960 – 1970 periode ini meliputi gerakan Roh yang berpusat di Soe dan TTS umumnya, pada satu pihak dan permulaan masa pembangunan di lain pihak.

Pimpinan sinode 1960 – 1970 ketua Pdt. L. Radja Haba; sekretaris Pdt. M. Arnoldus

4. Masa 1970 – 1975

Masa 1970 – 1975 ditandai oleh pimpinan baru yang lebih muda dan berpengalaman di klasis dan jemaat yang bekerja dalam suasana yang lebih dinamis (pelita I dan pelita II) dengan hubungan oikumuneis yang lebih luas dan intensif. Ketua Pdt. J.A. Adang STh dan sekretaris Pdt. A.L. Nitti STh.
Tidak terdapat angka yang lengkap dan dapat dipercayai untuk tahun 1974, akan tetapi untuk 1953 jumlah anggota 253.501 dan untuk 1972 yaitu 517.779.