Kedatangan bangsa-bangsa barat, khususnya Portugis dan Belanda di Indonesia didorong oleh berbagai motif. Motif yang mendorong bangsa Portugis ke Timor ialah kekristenan dan rempah-rempah. Sedangkan bangsa Belanda memiliki motif tambahan yakni faktor politis dan sosial. Agama Kristen dibawa ke NTT oleh orang Portugis.

Mula-mula di Pulau Solor dan kemudian ke seluruh Pulau Flores dan Pulau Timor, bagian yang berdekatan dengan Pulau Solor, yaitu Lifao dan Dili. Jadi agama Kristen yang bercorak Roma katolik dibawa oleh para missionaris Portugis. Daerah-daerah dimana agama katolik merupakan jumlah terbesar masyarakat NTT kini ialah yang digarap lebih dulu oleh Portugis., yaitu di Pulau Flores dan dua kabupaten di Pulau Timor yakni Timor Tengah Utara dan Belu.

Tiga ordo memikul tugas misi di asia yaitu Ordo Fransiscan, Ordo Jesuit dan Ordo Dominikan. Yang bertugas di Pulau Solor, Flore dan Timor adalah Ordo Dominikan, tetapi segala usaha pengkristenan di Timor tidak jauh berbeda dengan di Maluku yang telah digariskan oleh Fransiskus Xaverius dari Ordo Jesuit yang tiba di Maluku pada tahun 1546.

Missionaris yang pertama tiba di Pulau Timor adalah Antonia de Taveiro pada tahun 1556. Pada tahun 1562 dikirim lagi para bruder. Setiap orang yang akan dibaptiskan hanya diharuskan mempelajari Credo, Pengakuan Dosa, Doa Bapa Kami, Salam Maria dan 10 perintah. Sistem pengkristenan pertama kali lebih ditekankan pada kuantitas dibanding kualitas. Akibatnya adalah banyaknya orang yang bersedia dibaptis namun selang beberapa waktu setelah dibaptis, mereka kembali ke dalam kekafirannya. Pengluasan penyebaran Injil oleh Portugis di NTT ini mulai menghadapi tantangan pada abad yang XVII dengan datangnya Belanda yang mendirikan bentengnya di Kupang, yang dinamainya “Fort Concordia” pada tahun 1613.