Situasi Menjelang Pembentukan (1945-1947)
Pengaruh dari dalam dan dari luar antara lain dari kompensasi Zending internasional di Edinburg pada tahun 1910 menimbulkan suara-suara dalam Indische Kerk untuk menyerahkan tanggung jawab gerejawi kepada gereja-gereja suku (Ambon, Minahasa, Timor) dengan jalan menginstitusikan gereja-gereja itu sebagai gereja-gereja yang berdiri sendiri. Perkembangan ini bertahun-tahun lamanya ditahan oleh Kerk Bestuur. Pimpinan Indische Kerk khawatir bahwa uniformitasnya akan hilang.
Dalam sidang Am gereja Protestan Indonesia (Indische Kerk) pada tahun 1933, telah diputuskan bahwa gereja-gereja yang akan berdiri sendiri ialah:
1. Gereja Protestan Injili Minahasa (GMIM)
2. Gereja Protestan Maluku (GPM)
3. Gereja Timor.
Pada tahun 1937 suatu komisi persiapan konstitusi gereja Timor mulai pekerjaannya di Kupang dibawah pimpinan Ds. G. P Locher tetapi belum dapat diselesaikan sebelum pecahnya perang.
Pada tahun 1945 datanglah dari negeri Belanda Ds. E. Durkstra. Ia memulai tugasnya dengan menyusun suatu komisi untuk mempersiapkan suatu sinode yang berdiri sendiri. Pada tanggal 31 oktober 1947 gereja di Timor memperoleh kedudukan sebagai gereja yang berdiri sendiri dengan nama Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT).
Ds. Durkstra Predikant Voorzitter terakhir menjadi ketua yang pertama. Sekertarisnya ialah Pdt. E. Tokoh. Pada tahun 1948 GMIT menjadi anggota Dewan Gereja-gereja di Indonesia DGI (sekarang PGI).
Sinode GMIT yang pertama terdiri dari enam klasis, yaitu:
- Klasis Kupang yang meliputi Kupang dan Amarasi, dengan Pdt. J. Arnoldus sebagai ketua klasis.
- Klasis Camplong yang meliputi Fatuleu dan Amfoang, dengan Pdt. Naiola sebagai ketua klasis.
- Klasis Soe yang meliputi Amanuban, Amanatun, Mollo, TTU dan Belu dengan Pdt. M. Bolla sebagai ketua klasis.
- Klasis Alor/Pantar dengan Pdt. M. Molino sebagai ketuanya.
- Klasis Rote dengan Pdt. J. Zacharias sebagai ketuanya.
- Klasis Sabu dengan Pdt. M. Radja Haba sebagai ketuanya.
Disamping enam klasis terdapat juga tiga jemaat yang berdiri sendiri, yaitu Jemaat Kota Kupang, Jemaat Ende (Flores), dan Jemaat Sumbawa (NTB).